Как и для большинства тем, связанных с ГМО, наблюдается широкий разброс мнений о возможных последствиях производства и использования ГМО для экологии планеты. В значительном числе источников преобладает оптимистичный взгляд на эту проблему, основанный на уже многолетнем и весьма масштабном применении ГМО в сельском хозяйстве. Действительно, не вызывает сомнения тот факт, что во многих случаях использование ГМ растений вместо их натуральных родственников приводит к существенному экономическому эффекту, а в ряде случаев позволяет снижать экологическую нагрузку на экосистемы. Сообщения такого рода преобладают в открытых научных публикациях. Однако в целом ряде полученные в результате научных исследований факты вынуждают серьезно относиться к потенциальным проблемам и даже идентифицировать новые риски, которые недооценивались или вообще не поднимались в начальный период «эры ГМО». Оценка этих рисков особенно важна в преддверии появления новых поколений ГМО.